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La rouille du soja est une maladie foliaire destructrice du soja. Elle a été signalée pour la première fois dans l'hémisphère oriental au début des années 1900. Il est désormais admis que deux espèces fongiques différentes, Phakopsora pachyrhizi et Phakopsora meibomiae, sont responsables de la rouille du soja. Phakopsora meibomiae, appelé le nouveau type mondial, est un pathogène beaucoup plus faible et c'est le pathogène que l'on a trouvé dans l'hémisphère occidental.
La rouille asiatique du soja, également appelée rouille australasienne du soja, est causée par le champignon Phakopsora pachyrhizi. Il s'agit d'une maladie agressive qui détruit les tissus photosynthétiques, provoquant une défoliation prématurée, une maturation précoce et une baisse des rendements. Le champignon a besoin d'un hôte vivant pour survivre. La plante de soja est susceptible d'être infectée par la rouille à tous les stades de croissance, et se développe généralement dans la partie inférieure de la canopée, sur les feuilles les plus anciennes, d'abord pendant les périodes de forte humidité. La maladie commence généralement dans la partie basse ou moyenne de la canopée et se déplace vers le haut de la plante
Les premiers symptômes de l'infection par la rouille commencent sur les feuilles inférieures, profondément dans la canopée, sous forme de petites taches qui augmentent en taille et passent du gris au tan ou au brun rougeâtre, généralement sur les surfaces inférieures des feuilles. Sur la face supérieure des feuilles, les premiers symptômes peuvent être petits et jaunes, ces lésions s'assombrissent et peuvent aller du brun foncé ou brun rougeâtre à la couleur feu ou gris-vert.
En particulier aux premiers stades, il est facile de confondre les symptômes de la rouille du soja avec ceux de trois autres maladies foliaires du soja : la tache brune causée par le champignon Septoria gycines ; la pustule bactérienne, causée par Xanthomonas axonopodis pv. glycines ; et la brûlure bactérienne (également appelée tache angulaire), causée par Pseudomonas savastanoi pv. glycinea. Plus tard dans la saison, la rouille du soja peut être confondue avec la tache foliaire du Cercospora ou le coup de soleil, qui donne également aux feuilles une couleur bronze.
Des périodes prolongées de temps frais et humide pendant la saison de croissance favorisent les épidémies de rouille du soja. Les pustules de rouille apparaissent à la surface des feuilles 9 à 10 jours après l'infection, et les spores sont généralement visibles peu après. Chaque lésion peut produire un grand nombre de spores et la production de spores peut se poursuivre pendant des semaines. La combinaison d'une production élevée de spores et d'une dissémination réussie sur de longues distances permet à la rouille du soja de se développer rapidement et en fait un agent pathogène difficile à contrôler.
